运行选项

Call-Caching是指当用户在基因分析平台中计算作业，被检测到与之前的执行记录一致，可以直接使用之前的计算结果而无需重新计算，可以节省时间和费用。

简单来说，当一个计算作业成功完成后，如果平台再遇到完全一致的输入、完全一致的执行命令时，会跳过实际执行，立刻直接使用已有的计算结果返回。

命中规则：平台根据计算作业输入参数值、运行时属性值（如cpu，memory，docker，software等）、执行命令行等共同计算出一个哈希值。如果与平台历史的计算作业记录的哈希值一致，且该作业记录在有效保留时间内，则被认为是命中 Call-Caching。

有效保留时间：平台成功完成的计算作业记录有效保留时间为30天。如果用户主动删除中间结果，则对应的计算作业记录也被视为无效，无法参与Call-Caching。

命中结果：平台的运行任务产生的计算作业，如果命中Call-Caching，则会直接跳过执行，复用历史记录中的输出结果。平台将不会产生后端计算作业，也不会产生资源消耗，无需收取费用。

用户运行任务的中间结果，会被基因分析平台保存到用户的OSS中，并作为后续分析步骤的输入文件。

运行任务完成后，除了应用定义的最终输出外，流程中间结果也会保留。这些文件能够作为恢复失败的运行任务，或者命中Call-Caching的作业输入。同时，保留这些文件也会占用用户的存储空间，增加存储的费用。

用户在提交运行任务时，可以指定“删除中间结果”的选项。基因分析平台在运行任务完成后，除应用定义的流程输出文件外，会删除所有中间结果文件，只保留基础的脚本和日志文件，以节省用户的存储空间。

用户运行任务的所有文件都会平台统一上传到指定的OSS存储位置下。默认缺省情况下，工作空间下的运行任务结果都会被输出到工作空间绑定的OSS存储桶下。

oss://<工作空间绑定的OSS Bucket>/analysis/

生成的所有文件保存的目录结构如下：

oss://<工作空间绑定的OSS Bucket>/analysis/
|- <RunID>/<WorkflowName>/<WorkflowID>/
     |- call-xxxx
     |- call-xxxx
     |- call-hc
         |- bcs-stderr
         |- bcs-stdout
         |- rc
         |- script
         |- stderr
         |- stdout
         |- test.g.vcf.gz
         |- test.vcf.gz
         |- worker

• 用户运行任务可以指定任意具有读写权限的OSS存储位置，作为输出文件位置，如oss://bucket/dir/

• 输出文件位置下所有的文件具有相同的目录结构

  • RUNID：基因分析平台运行任务的唯一ID

  • WorkflowName：该运行任务使用的WDL应用中的Workflow名称

  • WorkflowID：该Workflow执行的UUID，由执行引擎自动生成

  • Call-xxxx：Workflow中的Call名称

    • stderr：运行任务的标准错误

    • stdout：运行任务的标准输出