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在GPU实例上使用RAPIDS加速机器学习任务

更新时间:

本文介绍了如何在GPU实例上基于NGC环境使用RAPIDS加速库,加速数据科学和机器学习任务,提高计算资源的使用效率。

背景信息

  • RAPIDS(全称Real-time Acceleration Platform for Integrated Data Science)是NVIDIA针对数据科学和机器学习推出的GPU加速库。更多信息,请参见RAPIDS网站

    RAPIDS预装镜像已经发布到阿里云镜像市场,创建GPU实例时,您可以在镜像市场中搜索NVIDIA RAPIDS并使用RAPIDS预装镜像。

    说明

    该RAPIDS预装镜像使用Ubuntu 16.04 64-bit操作系统。

  • NGC(全称NVIDIA GPU CLOUD)是NVIDIA推出的一套深度学习生态系统,供开发者免费访问深度学习和机器学习软件堆栈,快速搭建相应的开发环境。更多信息,请参见NGC网站,该网站提供了RAPIDS的Docker镜像,并预装了相关的开发环境。

  • JupyterLab是一套交互式的开发环境,帮助您高效地浏览、编辑和执行服务器上的代码文件。

  • Dask是一款轻量级大数据框架,可以提升并行计算效率。

本文提供了一套基于NVIDIA的RAPIDS Demo代码及数据集修改的示例代码,演示了在GPU实例上使用RAPIDS加速一个从ETL到ML Training端到端任务的过程。其中,ETL时使用RAPIDS的cuDF,ML Training时使用XGBoost。本文示例代码基于轻量级大数据框架Dask运行,为一套单机运行的代码。

说明

NVIDIA官方RAPIDS Demo代码的更多信息,请参见Mortgage Demo

操作步骤

如果您创建GPU实例时使用了RAPIDS预装镜像,只需运行RAPIDS Demo,从启动JupyterLab服务开始操作即可。具体操作,请参见启动JupyterLab服务

如果您创建GPU实例时没有使用RAPIDS预装镜像,按照以下步骤使用RAPIDS加速机器学习任务:

步骤一:获取NGC API Key

  1. NGC注册页面注册NGC账号。

  2. 登录NGC网站

  3. 单击页面右上角用户名,然后单击Setup

  4. Setup页面的Generate API Key区域,单击Get API Key

  5. API Key页面,单击Generate API Key

  6. Generate a New API Key对话框中,单击Confirm

    说明

    新的NGC API Key会覆盖旧的NGC API Key。如果您已持有NGC API Key,请确保不再需要旧的NGC API Key。

  7. 复制API Key并保存到本地。

步骤二:获取RAPIDS镜像下载命令

完成以下操作,获取RAPIDS镜像下载命令:

  1. 登录NGC网站

  2. 在页面左侧导航栏,选择CATALOG > Explore Catalog

  3. NVIDIA NGC: AI Development Catalog页面的搜索栏中,输入RAPIDS

  4. 在搜索结果中,单击RAPIDS镜像。

    nvidia-ngc
  5. 获取docker pull命令。

    本文示例代码基于RAPIDS 0.8版本镜像编写,因此在运行本示例代码时,使用Tag为0.8版本的镜像。实际操作时,请选择您匹配的版本。

    1. 单击Tags页签。

    2. 找到并复制Tag信息。本示例中,选择0.8-cuda10.0-runtime-ubuntu16.04-gcc5-py3.6

    3. 返回页面顶部,复制Pull Command中的命令到文本编辑器,将镜像版本替换为对应的Tag信息,并保存。

      本示例中,将cuda9.2-runtime-ubuntu16.04替换为0.8-cuda10.0-runtime-ubuntu16.04-gcc5-py3.6

      保存的docker pull命令用于下载RAPIDS镜像。关于如何下载RAPIDS镜像,请参见步骤三:部署RAPIDS环境

步骤三:部署RAPIDS环境

完成以下操作,部署RAPIDS环境:

  1. 创建一台GPU实例。详细步骤请参见自定义购买实例

    参数配置说明如下:

    • 实例:RAPIDS仅适用于特定的GPU型号(采用NVIDIA Pascal及以上架构),因此您需要选择GPU型号符合要求的实例规格,目前有gn6i、gn6v、gn5和gn5i,详细的GPU型号请参见实例规格族。建议您选择显存更大的gn6i、gn6v或gn5实例。本示例中,选用了显存为16 GB的GPU实例。

    • 镜像:在镜像市场中搜索并使用NVIDIA GPU Cloud VM Image

    • 公网带宽:选择分配公网IPv4地址或者在实例创建成功后绑定EIP地址。具体操作,请参见弹性公网IP文档中的绑定ECS实例

    • 安全组:选择的安全组需要开放以下端口:

      • TCP 22 端口,用于SSH登录

      • TCP 8888端口,用于支持访问JupyterLab服务

      • TCP 8787端口、TCP 8786端口,用于支持访问Dask服务

  2. 连接GPU实例。连接方式请参见连接方式介绍

  3. 输入NGC APIKey后按回车键,登录NGC容器环境。

  4. 可选:运行nvidia-smi查看GPU型号、GPU驱动版本等GPU信息。

    建议您了解GPU信息,预判规避潜在问题。例如,如果NGC的驱动版本太低,新Docker镜像版本可能会不支持。

  5. 运行docker pull命令下载RAPIDS镜像。

    关于如何获取docker pull命令,请参见步骤二:获取RAPIDS镜像下载命令

    docker pull nvcr.io/nvidia/rapidsai/rapidsai:0.8-cuda10.0-runtime-ubuntu16.04-gcc5-py3.6
  6. 可选:查看下载的镜像。

    建议您查看Docker镜像信息,确保下载了正确的镜像。

    docker images
  7. 运行容器部署RAPIDS环境。

    docker run --runtime=nvidia \
            --rm -it \
            -p 8888:8888 \
            -p 8787:8787 \
            -p 8786:8786 \
            nvcr.io/nvidia/rapidsai/rapidsai:0.8-cuda10.0-runtime-ubuntu16.04-gcc5-py3.6

步骤四:运行RAPIDS Demo

完成以下操作,运行RAPIDS Demo:

  1. 在GPU实例上下载数据集和Demo文件。

    # Get apt source address and download demos.
    source_address=$(curl http://100.100.100.200/latest/meta-data/source-address|head -n 1)
    source_address="${source_address}/opsx/ecs/linux/binary/machine_learning/"
    cd /rapids
    wget $source_address/rapids_notebooks_v0.8.tar.gz
    tar -xzvf rapids_notebooks_v0.8.tar.gz
    cd /rapids/rapids_notebooks_v0.8/xgboost
    wget $source_address/data/mortgage/mortgage_2000_1gb.tgz
  2. 在GPU实例上启动JupyterLab服务。

    推荐您直接使用以下命令启动JupyterLab服务。

    说明

    在GPU实例上使用命令启动JupyterLab服务时,需要使用root权限进行操作。

    # Run the following command to start JupyterLab and set the password.
    cd /rapids/rapids_notebooks_v0.8/xgboost
    jupyter-lab --allow-root --ip=0.0.0.0 --no-browser --NotebookApp.token='YOUR LOGON PASSWORD'
    # Exit JupyterLab.
    sh ../utils/stop-jupyter.sh
    • 除使用命令外,您也可以执行脚本sh ../utils/start-jupyter.sh启动jupyter-lab,此时无法设置登录密码。

    • 您也可以连续按两次Ctrl+C退出JupyterLab服务。

  3. 打开浏览器(推荐使用Chrome浏览器),在地址栏输入http://您的GPU实例IP地址:8888远程访问JupyterLab。

    如果您在启动JupyterLab服务时设置了登录密码,会跳转到密码输入界面。

  4. 运行NoteBook代码。

    该案例是一个抵押贷款回归的任务,更多信息,请参见代码执行过程。登录成功后,可以看到NoteBook代码包括以下内容:

    • xgboost_E2E.ipynb文件: XGBoost Demo文件。双击文件可以查看文件详情,单击下图中的执行按钮可以逐步执行代码,每次执行一个Cell。

    • mortgage_2000_1gb.tgz文件:2000年的抵押贷款回归训练数据(1G分割的perf文件夹下的文件不会大于1 G,使用1 G分割的数据可以更有效的利用GPU显存)。

代码执行过程

该案例基于XGBoost演示了数据预处理到训练的端到端的过程,主要分为三个阶段:

  • ETL(Extract-Transform-Load):主要在GPU实例上进行。将业务系统的数据经过抽取、清洗转换之后加载到数据仓库。

  • Data Conversion:在GPU实例上进行。将在ETL阶段处理过的数据转换为用于XGBoost训练的DMatrix格式。

  • ML-Training:默认在GPU实例上进行。使用XGBoost训练梯度提升决策树 。

NoteBook代码的执行过程如下:

  1. 准备数据集。

    本案例的Shell脚本会默认下载2000年的抵押贷款回归训练数据(mortgage_2000_1gb.tgz)。

  2. 设定相关参数。

    参数名称

    说明

    start_year

    指定选择训练数据的起始时间,ETL时会处理start_yearend_year之间的数据。

    end_year

    指定选择训练数据的结束时间,ETL时会处理start_yearend_year之间的数据。

    train_with_gpu

    是否使用GPU进行XGBoost模型训练,默认为True

    gpu_count

    指定启动worker的数量,默认为1。您可以按需要设定参数值,但不能超出GPU实例的GPU数量。

    part_count

    指定用于模型训练的performance文件的数量,默认为2 * gpu_count。如果参数值过大,在Data Conversion阶段会报错超出GPU内存限制,错误信息会在NoteBook后台输出。

    示例效果如下:

  3. 启动Dask服务。

    代码会启动Dask Scheduler,并根据gpu_count参数启动worker用于ETL和模型训练。启动Dask服务后,您也可以通过Dask Dashboard直观地监控任务,打开方法请参见Dask Dashboard

    示例效果如下:

  4. 启动ETL。

    ETL阶段会进行到表关联、分组、聚合、切片等操作,数据格式采用cuDF库的DataFrame格式(类似于pandas的DataFrame格式)。

    示例效果如下:

  5. 启动Data Conversion。

    将DataFrame格式的数据转换为用于XGBoost训练的DMatrix格式,每个worker处理一个DMatrix对象。

    示例效果如下:

  6. 启动ML Training。

    使用dask-xgboost启动模型训练,dask-xgboost负责多个dask worker间的通信协同工作,底层仍然调用xgboost执行模型训练。

    示例效果如下:

Dask Dashboard

Dask Dashboard支持任务进度跟踪、任务性能问题识别和故障调试。

Dask服务启动后,在浏览器地址栏中访问http://您的GPU实例IP地址:8787/status即可进入Dashboard主界面。

相关函数

函数功能

函数名称

下载文件

def download_file_from_url(url, filename):

解压文件

def decompress_file(filename, path):

获取当前机器的GPU个数

def get_gpu_nums():

管理GPU内存

  • def initialize_rmm_pool():

  • def initialize_rmm_no_pool():

  • def run_dask_task(func, **kwargs):

提交DASK任务

  • def process_quarter_gpu(year=2000, quarter=1, perf_file=""):

  • def run_gpu_workflow(quarter=1, year=2000, perf_file="", **kwargs):

使用cuDF从CSV中加载数据

  • def gpu_load_performance_csv(performance_path, **kwargs):

  • def gpu_load_acquisition_csv(acquisition_path, **kwargs):

  • def gpu_load_names(**kwargs):

处理和提取训练数据的特征

  • def null_workaround(df, **kwargs):

  • def create_ever_features(gdf, **kwargs):

  • def join_ever_delinq_features(everdf_tmp, delinq_merge, **kwargs):

  • def create_joined_df(gdf, everdf, **kwargs):

  • def create_12_mon_features(joined_df, **kwargs):

  • def combine_joined_12_mon(joined_df, testdf, **kwargs):

  • def final_performance_delinquency(gdf, joined_df, **kwargs):

  • def join_perf_acq_gdfs(perf, acq, **kwargs):

  • def last_mile_cleaning(df, **kwargs):

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