如何使用镜像市场中的免费镜像ll_批量计算(BC)-阿里云帮助中心

本文主要介绍如何使用镜像市场中的免费镜像，通过docker-compose 快速启动一个 Cromwell server。

背景

Cromwell server 的启动需要以下组件配合：

启动 MySQL 的 docker 容器作为 Crowmell 的持久化数据库，包括配置用户名，密码等；
填写 Cromwell 配置文件，包括 BCS 后端配置及数据库等配置；
使用 Cromwell 的 JAR 包，启动 server。

实际上 Cromwell 除了发布 jar 包，也会发布对应的 docker 镜像，我们可以考虑使用 docker-compose来简化以上步骤。docker-compose 是 Docker 官方的开源项目，其定位是定义和运行多个 Docker 容器的应用（Defining and running multi-container Docker applications）。

使用docker-compose 可以将容器化的 Cromwell 和 MySQL两个 service 拉起，作为一个应用来运行。再配合脚本来简化配置，可以将 Cromwell 的服务做成一键启停。

开通 ECS 作为 Crowmell server

首先使用 Cromwell server 镜像开通一台 ECS，ssh 登入机器后，可以运行目录下的cromwell-server.sh，进行Cromwell Server的管理：

# ./cromwell-server.sh
cromwell-server.sh - init cromwell config and start/stop service
Usage: cromwell-server.sh [options...] [init/start/stop/status]
Options:
  --id=STRING           Access id
  --key=STRING          Access key
  --root=STRING         Oss root for cromwell, e.g: oss://my-bucket/cromwell/
  --instance=STRING     default runtime: instance type [ecs.sn1.medium]
  --image=STRING        default runtime: image id [img-ubuntu-vpc]

第一次配置与启动服务

初次使用，需要做一些初始配置，可以使用下面的命令完成一键初始化与启动：

./cromwell-server.sh init --id=LTAI8xxxxx --key=vVGZVE8qUNjxxxxxxxx --root=oss://gtx-wgs-demo/cromwell/

上面的命令完成了以下配置：

--id: 批量计算的 Access Id；
--key: 批量计算的 Access Key；
--root: Crowmell 运行时在 OSS 上的工作根目录；
--instance: Cromwell 默认运行时参数，实例类型；
--image: Cromwell 默认运行时参数，镜像ID；执行完以上命令后，会根据 Crowmell 配置文件模板生成配置文件，并通过 docker-compose 启动 Cromwell server，并在后台运行。

服务启动后，就可以通过镜像中的命令行工具 widdler 执行工作流的提交：

cd /home/cromwell/cromwell/ 
widdler run echo.wdl inputs.json -o bcs_workflow_tag:test_echo

停止服务

使用下面的命令可以一键停止服务：

./cromwell-server.sh stop

再次启动服务

在已经完成配置的情况下，使用下面的命令，可以完成服务启动：

./cromwell-server.sh start

检查服务状态

启动服务后可以通过下面的命令检查服务状态：

./cromwell-server.sh status

如果server已经启动，则会看到下面的输出：

checking cromwell server status.....
{"cromwell":"48-613cea9-SNAP"} is running!

查看 Cromwell server 日志

./cromwell-server.sh logs

重新配置并启动服务

如果需要修改配置，在服务停止的情况下，再次使用 init 命令可以完成新配置重新启动：

./cromwell-server.sh init --id=LTAI8xxxxx --key=vVGZVE8qUNjxxxxxxxx --root=oss://gtx-wgs-demo/cromwell/

使用option文件设置默认运行时参数

在 Crowmell 的配置文件中，可以设置每个 backend 的默认运行时参数 default-runtime-attibutes，也可以在提交工作流时通过 option 覆盖原有设置。

所以如果您在提交工作流时用到了数据盘、NAS等，都可以在 option 文件中设置：

{
    "default_runtime_attributes": {
        "vpc": "192.168.0.0/24",
        "autoReleaseJob": true,
        "mounts": "nas://1f****04-xkv88.cn-beijing.nas.aliyuncs.com:/ /mnt/ true",
        "dataDisk": "cloud_ssd 250 /home/mount/"
    },
    "bcs_workflow_tag": "Tagxxx",
    "read_from_cache": true
}

使用 widdler 命令行的 -O （大写的O）参数提交 option 文件：

widdler run echo.wdl inputs.json -O options.json